La commande suivante permet d'effacer à partir du répertoire courant et dans tous les sous-répertoires les fichiers se terminant par ~.

find . -name "*~" -exec rm -rf "{}" \;

Si l'on veut supprimer les fichiers .php par exemple, il suffirait alors d'exécuter :

find . -name "*.php" -exec rm -rf "{}" \;